超纯水氮封水箱的运行原理可以分为两个方面：过滤和氮气保护。

首先，超纯水氮气水箱通过一系列的过滤器和除氧设备将存储在箱内的水分子净化至极佳的纯度。其中，过滤器可以去除微粒和大分子杂质，而除氧设备可以去除水分子中的溶解氧，从而保证水分子的极高纯度。

其次，超纯水氮封水箱会在箱体内注入氮气，形成惰性气氛。这种氮气保护可以有效地防止物质受到空气、水分或其他不纯杂质的污染和氧化。同时，氮气也可以保持箱内的压力稳定，确保箱内物质的安全储存。

总的来说，超纯水氮封水箱的运行原理就是通过密封、净化和氮气保护等多种手段，保证箱内存储的物质处于绝对纯净和安全的状态。